高能所建有北京正负电子对撞机国家实验室、核探测与核电子学国家重点实验室（与中国科技大学共建），中科院粒子物理前沿卓越创新中心，3个中国科学院重点实验室：粒子天体物理重点实验室、纳米生物效应与安全重点实验室（与国家纳米中心共建）、粒子加速物理与技术重点实验室，1个北京市重点实验室：北京市射线成像技术与装备工程中心。高能所下设实验物理中心、粒子天体物理中心、理论物理室、计算中心、加速器中心、多学科研究中心、核技术应用研究中心等7个研究单位，并在广东东莞设有分部。高能所玉泉路园区占地460多亩。
高能所建有北京正负电子对撞机国家实验室、核探测与核电子学国家重点实验室（与中国科技大学共建），中科院粒子物理前沿卓越创新中心，3个中国科学院重点实验室：粒子天体物理重点实验室、纳米生物效应与安全重点实验室（与国家纳米中心共建）、粒子加速物理与技术重点实验室，1个北京市重点实验室：北京市射线成像技术与装备工程中心。高能所下设实验物理中心、粒子天体物理中心、理论物理室、计算中心、加速器中心、多学科研究中心、核技术应用研究中心等7个研究单位，并在广东东莞设有分部。高能所玉泉路园区占地460多亩。